MousebreedeR: 一个新的软件,用于协助设计复杂的实验生物的复杂基因型的育种方案

科学领域:

• 遗传学 遗传学 是一个
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 动物模型 动物模型

背景情况:

• 基因编辑技术使复杂的实验模型成为可能.
• 涉及多个基因位点的复杂基因型 (例如,合基因,记者,克雷卡塞特) 在研究中越来越常见.
• 传统的育种策略变得效率低下,并且很难在三个或更多的地点进行评估.

研究的目的:

• 开发一种工具,简化模型生物中复杂基因型的育种方案的设计.
• 为研究人员提供高效的育种策略和对所需的遗传修饰的概率结果.

主要方法:

• 开发了MousebreedeR,这是一个免费的,开源的R包和基于Web的Shiny应用程序.
• 该工具接受所需的基因型和现有的育种者基因型作为输入.
• 输出高效的育种方案,幼的基因型概率,以及没有理想后代的概率.

主要成果:

• MousebreedeR为复杂的遗传交叉提供了高效的繁殖方案.
• 该应用程序计算了获得特定幼基因型的概率.
• 它还估计了在一个子中不产生任何具有所需基因型的幼的可能性.

结论:

• MousebreedeR显著帮助研究人员规划复杂的遗传模型的育种策略.
• 该工具通过提供明确的概率结果来增强实验设计.
• 促进可视化和决策,以有效地生成转基因生物.