基于咖啡混合器的提取方法和树叶组织存储对非模型植物的转录组的影响

科学领域:

• 植物生物学 植物生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 分子生态学分子生态学

背景情况:

• 植物的适应依赖于转录反应.
• 现场转录学旨在研究自然环境中的植物.
• 现有的现场RNA提取方法缺乏全面的转录组质量评估和长期存储数据.

研究的目的:

• 评估植物RNA存储解决方案,并开发现场友好的现场RNA提取协议.
• 为了评估存储和现场提取后的转录组质量.
• 为了使在偏远或难以到达的地方进行转录学研究.

主要方法:

• 评估了Helonias orientalis叶组织的转录组质量,在RNAlater和TRIzol中在25°C下存储1天和14天.
• 开发并测试了环境温度使用的现场友好的RNA提取协议.
• 包括为富含多醇的植物,如Fragaria vesca.提供无关氨酸的协议.

主要成果:

• 在1天的存储和现场提取后,转录组组装质量与最先进的方法相比.
• 与存储样本相比,现场提取方法在差异基因表达分析中表现出优异的性能.
• 开发的协议适用于使用最小的设备进行远程现场研究.

结论:

• 优化的现场RNA提取方法提供了高质量的转录基因数据.
• 这些方法克服了冷链储存在实地研究中的局限性.
• 开发的协议将推动在具有挑战性的环境中研究植物转录调节.