简单的PubPlot:一个闪亮的Web应用程序,用于快速的Omics数据探索和可视化

科学领域:

• 生物信息学是一种生物信息学.
• 数据可视化 数据可视化
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• Omics的数据探索和可视化工具通常需要先进的编程技能,这限制了许多研究人员的可访问性.
• 现有工具的标准化输出可能缺乏为高质量定制可视化所需的灵活性.

研究的目的:

• 开发一个用户友好的,无编码的计算工具,用于简化数据探索和可视化在奥米克研究.
• 为了降低技术障碍,从omics数据集生成可发布的质量图表.

主要方法:

• 开发EasyPubPlot,这是一个开源的Shiny网络应用程序和R包.
• 实现以用户体验为导向的设计,并提供逐步教程.
• 使用代谢学,蛋白学和转录学数据展示功能.

主要成果:

• EasyPubPlot生成各种情节类型,包括分数情节,火山情节,热图,盒子情节,点图和泡情节.
• 该工具简化了创建准备发布的可视化过程,用户输入最小.
• 在多个omics学科中展示了多功能应用.

结论:

• EasyPubPlot有效地弥合了复杂的奥米克数据分析和可访问的高质量可视化之间的差距.
• 该工具使研究人员,特别是那些编程经验有限的研究人员,能够有效地探索和展示他们的发现.
• EasyPubPlot可以作为本地安装或Web应用程序,促进科学界更广泛地采用.