蛋白质形状预测器:增加上下蛋白质组的基因范围

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 蛋白质形式,明显的分子蛋白质变体,对于生物功能至关重要.
• 翻译后修改 (PTMs) 产生蛋白形多样性.
• 顶向下蛋白质组学 (TDP) 对于完整的蛋白质形式分析和PTM表征至关重要.

研究的目的:

• 开发一个开源工具,Proteoform-predictor,用于创建proteoform数据库.
• 为了使具有有限PTM注释的生物体中的蛋白形鉴定能够使用基于同质性的预测.
• 增强TDP对更广泛的物种的接触范围.

主要方法:

• 蛋白形预测器将基于同质性的PTM站点预测集成到数据库创建中.
• 该工具注册同源序列,并将PTM地点从具有良好的特征的物种转移到较少注释的物种.
• 用户友好的界面和直观的工作流程促进了可访问性.

主要成果:

• 蛋白质形式预测器扩展了三种细菌菌株的蛋白质形式数据库数万个,使用*E. coli*作为参考.
• 对TDP的分析显示,对*S. marcescens*和*S. typhimurium*的蛋白质和蛋白型鉴定有显著的改善.
• 即使对具有变异序列的蛋白质也观察到更好的识别.

结论:

• 蛋白形预测器有效地扩展了对未被注释的物种的蛋白形数据库.
• 该工具增强了TDP分析,提高了蛋白质和蛋白质形状识别率.
• 这种方法将推进多种生物体的PTM生物学和蛋白型鉴定.