固体瘤体质突变部位的不同NGS识别方法会影响TMB结果

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 基因组学就是基因组学.
• 生物标志物发现发现

背景情况:

• 瘤突变负担 (TMB) 是预测免疫检查点抑制剂 (ICI) 反应的关键生物标志物.
• 使用目标面板的下一代测序 (NGS) 是TMB量化标准.
• 在NGS方法的变化可能会影响TMB在实体瘤的检测准确性.

研究的目的:

• 调查不同NGS方法对固体瘤TMB检测的影响.
• 为了比较从瘤单独 (TO) 和瘤控制 (TC) 分析中获得的TMB结果.
• 评估依赖于方法的TMB变异的临床影响.

主要方法:

• 混合捕获NGS用于TO和TC分析.
• 使用标准参考数据验证了准确性和特异性.
• 分析了24个固体瘤样本 (FFPE),以比较突变部位识别和TMB计算.

主要成果:

• 两种TO和TC方法都准确地检测出298个具有高特异性的常见基因 (CV% < 10%) 的突变.
• 在两种方法之间观察到TMB结果的高一致率 (92%).
• 在TMB结果中发现了显著的差异 (p < 0.001),鉴定了不同的突变部位,影响了整体TMB计算.

结论:

• NGS算法和面板设计显著影响TMB测试结果.
• 接近10mut/Mb值的TMB结果差异可能会改变治疗决策.
• 综合测试方法 (例如,TO或TC与其他方法) 建议用于全面的体质突变评估.