在血中丰富微生物DNA以改善败血症病原体检测:试点研究
Eddie G Dominguez1,2, Bradon R McDonald1,2, Haikun Zhang1,2
1Department of Surgery, School of Medicine and Public Health, University of Wisconsin-Madison, Madison, WI, United States.
Clinical chemistry
|March 11, 2025
概括
结合单链DNA (ssDNA) 库的准备和大小选择,可以提高微生物DNA在血中的产量. 然而,这种方法增加了背景噪声,限制了在属级的病原体检测灵敏度.
科学领域:
- 临床微生物学 临床微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子诊断学 分子诊断
背景情况:
- 在重症患者中,败血症诊断和病原体鉴定具有挑战性.
- 血基因组测序显示出检测微生物无细胞DNA (mDNA) 的前景.
- 血中低的mDNA丰度限制了灵敏度,需要高的测序深度.
研究的目的:
- 评估是否结合单链DNA (ssDNA) 库准备和大小选择可以丰富mDNA.
- 评估这种丰富能否提高血中病原体检测灵敏度.
主要方法:
- 预计将48名创伤患者纳入ICU.
- 在前10天,每天收集血液样本.
- 血DNA提取,dSDNA和ssDNA库的准备,以及大小的选择 (>110bp排除).
- 测序,分类学分类和评估mDNA部分和病原体检测灵敏度.
主要成果:
- 尺寸选择的ssDNA库的总mDNA分数比传统的dsDNA库高出204倍.
- 对病原体特异性DNA (属级) 的最高敏感性在尺寸选择的dsDNA (82%) 中观察到.
- 传统的dsDNA (41%),ssDNA (71%) 和大小选择的ssDNA (35%) 的敏感性较低.
结论:
- 结合ssDNA库准备和大小选择,可以提高mDNA产量,从而减少测序需求.
- 这种综合方法增加了背景噪声,限制了在属级别的病原体检测灵敏度.
- 传统的dsDNA库准备与大小选择似乎是最敏感的基因级病原体识别.


