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Updated: May 22, 2025
00:09
Pooled CRISPR-Based Genetic Screens in Mammalian Cells
Published on: September 4, 2019
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同时的CRISPR查和空间转录学揭示了细胞内,细胞间和功能转录电路
Loϊc Binan1, Aiping Jiang2, Serwah A Danquah3
1Spatial Technology Platform, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; Klarman Cell Observatory, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA.
Cell
|March 13, 2025
概括
Perturb-FISH结合成像和转录学来揭示细胞中的基因功能. 这种强大的方法揭示了基因如何调节复杂生物系统中的细胞行为和相互作用.
科学领域:
- 分子生物学
- 基因组学
- 细胞生物学
背景情况:
- 聚合光学屏幕提供大规模的细胞分析,但缺乏高复杂的转录学洞察力.
- 目前的方法很难将空间和功能细胞数据与单细胞分辨率的分子途径联系起来.
研究的目的:
- 开发一种新的方法,将空间转录学与指导RNA检测集成到功能基因组学中.
- 研究细胞反应和疾病模型中的基因调控网络.
主要方法:
- 开发了Perturb-FISH,将成像空间转录学与现场放大导向RNA检测相结合.
- 应用Perturb-FISH研究单细胞中的脂聚糖反应,3D异种移植瘤模型和hIPSC星体中的自闭症谱系障碍风险基因.
主要成果:
- Perturb-FISH准确地捕捉了细胞内扰动效应,类似于 Perturb-seq.
- 鉴定了细胞间和密度依赖的先天免疫反应调节.
- 揭示了受遗传淘汰影响的瘤免疫相互作用,并确定了与自闭症谱系障碍相关的hIPSC天体细胞中的遗传相互作用和途径.
结论:
- 在单细胞分辨率下剖析空间和功能生物学的基因和分子基础.
- 通过将基因型与空间和功能细胞表型联系起来,实现大规模的功能基因组学.
