人类生物分子地图计划 (HuBMAP):3D人类参考地图的构建和使用.
Katy Börner1,2, Philip D Blood3, Jonathan C Silverstein4
1Department of Intelligent Systems Engineering, Luddy School of Informatics, Computing, and Engineering, Indiana University, Bloomington, IN, USA. katy@iu.edu.
Nature methods
|March 14, 2025
概括
人类生物分子地图计划创建了一个3D人类参考地图 (HRA),详细介绍人类解剖学,细胞类型和生物标志物. 这本全面的地图集有助于理解健康和乱的生物状态.
科学领域:
- 生物医学信息学 生物医学信息学
- 人类解剖学 人类解剖学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 人类生物分子地图计划 (HuBMAP) 计划旨在创建一个全面的3D人类参考地图 (HRA).
- 这本地图书作为一个基本的资源,用于理解人类生物学在多个尺度.
研究的目的:
- 描述HRA v.2.0.0.的架构和组件.
- 概述将新的实验数据集成到HRA中的方法.
- 详细介绍支持HRA利用的基础设施和应用程序.
主要方法:
- 开发一个共同的协调框架 (CCF) 和知识图.
- 整合了33个ASCT+B表和65个与本体学相关的3D参考对象.
- 利用细胞类型注释工具,抗体面板和空间注册用于数据映射.
主要成果:
- HRA v.2.0包括4499个解剖结构,1195个细胞类型和2089个生物标志物.
- 建立了标准化的术语,数据格式和本体学验证流程.
- 开发了用户界面,API和云基础设施,用于 atlas 访问和分析.
结论:
- 该HRA为人类生物学研究提供了一个可扩展的,多规模的框架.
- 它有助于表征衰老和疾病中的生物变化.
- 描述的基础设施支持HuBMAP项目的多种应用程序和数据集成.
