治疗前的DNA甲基组和转录组资料与黑色素瘤对抗PD1免疫疗法的反应相关
Sultana Mehbuba Hossain1, Gregory Gimenez1, Peter Stockwell1
1Department of Pathology, Dunedin School of Medicine, University of Otago, Dunedin, New Zealand; Maurice Wilkins Centre for Molecular Biodiscovery, Level 2, 3A Symonds Street, Auckland, New Zealand.
Cancer letters
|March 15, 2025
概括
研究人员确定了新的DNA甲基化和基因表达标记物,以预测黑色素瘤患者的抗PD1免疫疗法反应. 这些生物标志物可能有助于选择可能从治疗中受益并避免副作用的患者.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 免疫检查点抑制剂 (ICI) 治疗在黑色素瘤患者中表现出有限的成功.
- 在黑色素瘤中缺乏ICI反应的预测生物标志物.
- 所有患者都面临潜在的ICI相关副作用,无论治疗的疗效如何.
研究的目的:
- 确定甲基组和转录组标记物,用于预测黑色素瘤中抗PD1免疫疗法反应.
- 为了将DNA甲基化和基因表达特征与患者对抗PD1单一治疗的反应相关联.
主要方法:
- 在治疗前的黑色素瘤组织中使用Infinium MethylationEPIC微阵列对DNA甲基化概况 (>850,000个CpG位) 的分析.
- RNA测序 (RNA-seq) 用于分析转录组.
- 将DNA甲基化和基因表达数据与患者对抗PD1疗法的反应进行统计比较.
主要成果:
- 鉴定了2579个与抗PD1治疗反应相关的DNA甲基化变化 (低甲基化和高甲基化).
- 综合性分析揭示了35个基因位点与DNA甲基化和基因表达变化的结合,其中13个在独立数据集中得到验证.
- 在非响应者中,功能性丰富分析突出了与角状外形成和上皮细胞增殖的关联.
结论:
- 新的综合DNA甲基化和基因表达标记与黑色素瘤中抗PD1治疗反应相关.
- 这些发现表明瘤DNA甲基化,基因表达模式和黑色素瘤患者的免疫治疗反应之间存在联系.
- 已识别的标记物有可能预测治疗疗效,并指导治疗决策.
