用转录组和差异甲基化整合分析来识别三阴性乳腺癌诊断和预后的枢纽基因
Baoe Liu1, Xiaoli Yang2, Huxia Wang3
1Department of Breast Disease Center, Shaanxi Provincial People's Hospital, Xi'an 710068, Shaanxi, China.
Journal of Cancer
|March 17, 2025
概括
这项研究确定了七个甲基化调节基因作为三阴性乳腺癌 (TNBC) 的潜在诊断生物标志物. 增加KIF11,CCNB1和PLK1的表达表明TNBC患者的预后不佳.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 遗传学 是一个遗传学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 三阴性乳腺癌 (TNBC) 缺乏ER,PR和HER2表达,呈现出侵略性行为和不良预后.
- 目前的TNBC治疗依赖于化疗,缺乏向疗法,需要发现新的生物标志物.
研究的目的:
- 确定新型甲基化调节差异表达基因 (MDEGs) 用于TNBC的早期诊断和治疗.
- 调查TNBC中识别的枢纽基因的诊断和预后潜力.
主要方法:
- 转录组和甲基化数据的综合分析以确定MDEGs.
- 对MDEG进行了基因本体学,KEGG通路和PPI网络分析.
- 使用RT-qPCR和qMSP验证TNBC和正常细胞系中的关键基因表达和DNA甲基化.
主要成果:
- 七个枢纽基因 (EXO1,KIF11,FOXM1,CENPF,CCNB1,PLK1,KIF23) 在TNBC中被确定为低甲基化和过度表达.
- 这些基因参与细胞周期和线粒体过程,显示出强大的诊断潜力 (AUC > 0.9).
- KIF11,CCNB1和PLK1的表达与更高的危险比率相关,表明TNBC的预后不佳.
结论:
- 包括KIF11,CCNB1和PLK1在内的7种低MDEG显示出作为TNBC诊断生物标志物的巨大潜力.
- 增加KIF11,CCNB1和PLK1的表达与TNBC预后不佳有关.
- 这些发现提高了对TNBC表观遗传机制的理解,并提供了潜在的治疗点.
