在怀孕期间进行尿道细胞外RNA的转录基因分析的小型化工作流程

科学领域:

• 生物化学 生物化学
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 尿液含有细胞外RNA (exRNA) 在细胞外囊泡 (EVs) 和其它复合体中.
• 需要使用非侵入性的生物流体分析方法,特别是在女性队伍中,用于生殖和怀孕障碍生物标志物.
• 尿液exRNA分析可以反映出孕期相关的母体和胎盘组织的变化.

研究的目的:

• 为了确定尿道细胞外RNA (exRNA) 的转录学分析的最佳方法.
• 测试不同的exRNA隔离和可扩展的库准备技术.
• 为了能够检测出与怀孕相关的疾病的生物标志物.

主要方法:

• 从合并和单独的尿样 (非孕妇,孕妇,男性) 中提取RNA,使用不同的输入量 (0.6毫升,1毫升,4毫升).
• 隔离方法侧重于囊泡 (EV相关) 或总 (EV相关和非EV相关) exRNA.
• 用NEBNext小RNA套件编制的小RNA库 (n=208);用SMART-Seq v4或SMARTer链式总RNA-Seq套件v2的长RNA库 (n=97) Pico.

主要成果:

• 主要组件分析表明exRNA分离方法作为小RNA库的主要变异源,以及长RNA库的库准备方法.
• 来自miRCURY提取的exRNA的长RNA库显示,SMART-Seq v4比Pico v2 (p<0.05) 产生了明显更独特的映射读数.
• 建立了一个可扩展,可复制的尿液exRNA小和长RNA-Seq的管道.

结论:

• 开发的管道使尿路exRNA的可复制的转录基因分析成为可能.
• 这种方法可以在怀孕期间识别差异表达的尿路exRNAs.
• 该管道将促进对妊娠障碍的转录组分析,例如产前.