纳米孔测序的改进为多组分CRESS-DNA植物病毒提供了高质量的基因组数据
Daniel H Otron1,2,3, Denis Filloux4,5, Andy Brousse4
1The Central and West African Virus Epidemiology (WAVE) for Food Security Program, Pôle Scientifique et d'Innovation, Université Félix Houphouët-Boigny (UFHB), Abidjan , 22 BP 582, Côte d'Ivoire.
Virology journal
|March 18, 2025
概括
一种新的纳米孔测序方法为CRESS-DNA植物病毒提供了高效和具有成本效益的诊断. 这种技术提供了高质量的基因组表征,与桑杰测序相提并论,有助于植物疾病管理.
科学领域:
- 植物病毒学 植物病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 下一代测序的测序方法
背景情况:
- 循环复制编码单链DNA (CRESS-DNA) 病毒导致重要的植物疾病.
- 传统的滚动圆放大 (RCA) 和桑格测序是耗时的,并与共感染作斗争.
- 需要有效的小规模测序方法来进行CRESS-DNA病毒表征.
研究的目的:
- 使用牛津纳米孔技术开发和验证一种新的RCA测序诊断技术.
- 评估该方法在CRESS-DNA病毒的常规基因组表征方面的有效性.
- 为桑格测序提供一个具有成本效益和可访问性的替代方案.
主要方法:
- 采用牛津纳米孔技术,使用RCA测序的长丝流细胞.
- 采用RCA产品的并联重复性来提高读取质量和基因组组装.
- 应用该方法种植的样本感染了非洲麻豆马赛克病毒 (ACMV) 和法巴豆死特技病毒 (FBNSV).
主要成果:
- 成功恢复了ACMV (双重) 和FBNSV (八段) 的所有基因组组件.
- 组装的ACMV和FBNSV基因组显示100%的核酸与桑格测序结果相同.
- 证明了类似大小的基因组组件的读数数量和细分频率之间的相关性.
结论:
- 为高质量的CRESS-DNA病毒基因组表征建立了一种可访问和有效的基于纳米孔的方法.
- 这种方法在质量上可以与金标准的桑格测序相提并论.
- 将这种方法整合到常规工作流程中可以改善对病毒性植物疾病流行病的反应.
