基于多个数据集的预后模型的构建和乳腺癌相关机制的分析
Xiaofeng Wan1, Jianmin Zhan1, Shuke Ye1
1National Health Commission (NHC) Key Lab of Reproduction Regulation (Shanghai Institute for Biomedical and Pharmaceutical Technologies), Shanghai, China.
Translational cancer research
|March 19, 2025
概括
一个新的基因特征可以预测乳腺癌 (BC) 亚型的结果. 这种与表皮-介质细胞过渡 (EMT) 途径相关的特征有助于为BC患者提供个性化治疗策略.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 乳腺癌 (BC) 是一种具有多种亚型的异质性疾病,需要通用预后生物标志物.
- 目前的预后工具缺乏准确预测所有BC亚型的结果的能力.
- 迫切需要新的生物标志物来指导临床管理和改善患者的治疗结果.
研究的目的:
- 确定一种用于预测乳腺癌预后的新型分子生物标志物.
- 开发适用于所有乳腺癌亚型的预后模型.
- 为乳腺癌患者指导临床管理策略.
主要方法:
- 利用癌症基因组图谱 (TCGA) 数据进行差异基因表达和临床分析.
- 使用权重基因同表达网络分析 (WGCNA),考克斯回归和LASSO用于预后模型构建.
- 使用RT-qPCR,内部队列和基因表达综合 (GEO) 数据集验证了预后基因签名和模型.
主要成果:
- 鉴定了1643个差异表达的基因,导致15个基因的预后特征与上皮细胞-介质细胞过渡 (EMT) 途径相关.
- 签名有效地将患者分为高风险和低风险组,具有不同的预后 (P<0.01),在独立队列中得到验证.
- 与EMT,TGF-β和PI3K-Akt通路相关的高风险组;与Wnt-β-catenin,DNA修复和P53通路相关的低风险组;低风险组显示出更大的抗瘤免疫细胞透.
结论:
- 建立了一个新的EMT途径相关的预后基因签名,用于乳腺癌.
- 签名准确地预测了各种BC亚型的预后和治疗反应.
- 这种生物标志物有可能指导乳腺癌管理中的个性化治疗决策.
