使用基于amplicon的纳米孔序列测序检测和基因组表征口疫病毒SAT2 XIV拓型
Ibrahim H M Abualghusein1, Mustafa M K Ababneh2, Mohammad Borhan F Al-Zghoul1
1Department of Basic Veterinary Science, Faculty of Veterinary Medicine and Surgery, University of Science and Technology, Al-Ramtha, Irbid, Jordan.
Veterinary research communications
|March 19, 2025
概括
约旦的口病 (FMD) 监测发现了SAT2 XIV拓型,这是一个以前不占主导地位的菌株. 这一发现更新了口疾病的流行病学,并有助于制定针对性诊断和疫苗接种策略来对抗这种重要的动物疾病.
科学领域:
- 兽医病毒学 兽医病毒学
- 流行病学 流行病学
- 分子诊断学 分子诊断学
背景情况:
- 口病 (FMD) 是一种高度传染性的病毒性疾病,影响着两动物.
- 口病病毒 (FMDV) 有七种血清型,由于缺乏交叉免疫力,使疫苗开发复杂化.
- 约旦是口病的流行地,先前的数据表明O和A血清型的循环,需要更新的流行病学信息.
研究的目的:
- 更新约旦口热的流行病学状况.
- 在最近的疫情期间识别循环的FMDV血清型和遗传系.
- 评估纳米孔测序用于FMDV监测和诊断.
主要方法:
- 从约旦Al-Dhlail的口热疫情中采集和检查200个样本的qPCR查.
- 来自14个阳性样本的病毒蛋白1 (VP1) 基因的PCR放大和纳米孔测序.
- 植物遗传学分析以确定FMDV拓型和Sanger测序用于SNP验证.
主要成果:
- 在200个样本中,49个样本检测出FMDV的阳性.
- 遗传学分析在11个成功测序的样本中确定了SAT2 XIV拓型.
- 在VP1蛋白中的一个N137S单核酸多态 (SNP) 用桑格测序验证了.
结论:
- 该研究确定了SAT2 XIV拓型,表明约旦流通的FMDV菌株发生了转变.
- 纳米孔测序被证明是快速FMDV监测和特征表征的有效方法.
- 调查结果为国家和全球口病控制工作和诊断进步提供了关键数据.
