组织和多种癌症类型的空间蛋白质学和转录学特征,包括去化骨髓

科学领域:

• 空间生物学 空间生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 组织加工 组织加工

背景情况:

• 新兴的空间成像技术为FFPE组织中的基因和蛋白质表达提供单细胞分辨率.
• 像Xenium和PhenoCycler-Fusion这样的平台很强大,但缺乏用于组织质量,标记器完整性和可重复性的系统方法.
• 分析前的挑战阻碍了空间生物学技术的充分潜力.

研究的目的:

• 通过解决预分析挑战,优化空间生物学的技术方法.
• 开发和验证FFPE骨髓脱协议,用于空间蛋白质组学和转录组学保存核酸.
• 用于评估空间生物学平台的多癌组织微阵列 (TMA) 的特征.

主要方法:

• 开发了一种多种癌症组织微阵列 (TMA).
• 使用一种新型的分子和蛋白质友好的脱协议处理的FFPE骨髓核心样本.
• 使用PhenoCycler用于高复合空间蛋白质组学和Xenium用于空间转录组学,随后使用QuPath和自定义管道进行数据分析.

主要成果:

• 费诺赛克勒和Xenium平台在各种瘤类型的TMA部分上显示出良好的标记符对应.
• 优化的脱协议有效地保留了骨髓中的mRNA和蛋白质标记物.
• 分析成功地解决了脱骨髓中的主要细胞类型,同时保持了形态.

结论:

• 已验证的PhenoCycler-Fusion空间蛋白质组学和Xenium空间转录组学平台用于各种瘤类型,包括去化骨髓.
• 证明了FFPE骨髓核心活检的强大,分子友好的脱协议.
• 建立了空间蛋白质组和转录组数据的系统质量评估方法,使平台之间的直角确认成为可能.