纳米ASV:一个snakeemake工作流程可复制的基于现场的Nanopore全长16S元条码的amplicon数据分析数据分析
Arthur Cousson1, Frédéric Mahé2,3, Ulysse Guyet4
1Eco&Sols, University of Montpellier, IRD, INRAe, CIRAD, Inst Agro, Montpellier F-34060, France.
Bioinformatics (Oxford, England)
|March 20, 2025
概括
纳米ASV是一种生物信息工作流程,用于处理来自牛津纳米孔测序的SSUrRNA基因序列. 该工具可直接在测序设备上对安普利康数据进行可复制,离线和现场分析.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 对微生物群落的准确分析依赖于对核糖体RNA基因的测序.
- 牛津纳米孔测序提供便携式,实时数据采集.
- 现有的工作流程可能缺乏可移植性或离线功能用于现场使用.
研究的目的:
- 开发一个强大的生物信息工作流程,用于处理全长SSUrRNAamplicons.
- 为了使安普利康测序数据的可复制和便携式分析.
- 使用牛津纳米孔测序技术促进离线和现场分析.
主要方法:
- 开发了NanoASV,一个Conda环境和基于snakemake的工作流.
- 集成的最先进的生物信息学软件用于片处理.
- 设计与牛津纳米孔测序数据的兼容性.
主要成果:
- 纳米ASV处理全长的SSU rRNA (16S/18S) 片.
- 工作流确保可重复性和可移植性.
- 线下和现场分析是可以实现的.
结论:
- 纳米ASV提供了一个强大的解决方案,用于处理基于纳米孔的安普利康测序数据.
- 工作流可以在本地安装并运行在像纳米孔MK1C这样的设备上.
- 这有助于在各种现场环境中立即分析数据.


