用空间-ATAC-RNA-seq和空间-CUT&Tag-RNA-seq对表观基因组和转录基因组进行空间解析的全基因组联合分析

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 空间生物学 空间生物学

背景情况:

• 细胞的身份和功能受到表观基因组和基因转录的控制.
• 现有的空间技术通常一次只分析一个分子层 (转录体或表观体).
• 了解组织异质性需要集成的空间转录和表观遗传学数据.

研究的目的:

• 介绍新的,空间分辨的测序方法,用于转录组和表观基因组的共同分析.
• 为了使基因表达和表观遗传修饰在完整的组织部分的同时分析.
• 为研究人员提供用于多式联运空间概况的工具.

主要方法:

• 开发了空间-ATAC-RNA-seq 和空间-CUT&Tag-RNA-seq 协议.
• 利用组织固定,透,以及用于转录学的现场逆转录.
• 使用Tn5转化酶进行可访问的染色质探测 (空间-ATAC-RNA-seq) 或检测基因组修饰 (空间-CUT&Tag-RNA-seq).
• 包含一个微流体装置用于双条码传输,以接近单细胞分辨率生成空间马赛克.

主要成果:

• 在完整的组织部分成功地共同分析了全基因组转录和表观基因组.
• 在3-5天内生成空间-ATAC-RNA-seq或空间-CUT&Tag-RNA-seq库.
• 建立了用于多式联运空间造型的协议,扩展了之前的工作.

结论:

• 空间-ATAC-RNA-seq和空间-CUT&Tag-RNA-seq为同时进行多式模式空间分析提供了强大的功能.
• 这些方法通过空间整合转录基因组和表观基因组数据来增强对组织异质性的理解.
• 开发的协议为以前所未有的空间分辨率研究复杂的生物系统开辟了新的途径.