染色体层面的基因组组合和白斑脊柱脚Siganus canaliculatus的注释
Xiaolin Huang1,2,3, Yanke Lu4, Hui Zhang4
1Chinese Academy of Fishery Sciences, Key Laboratory of South China Sea Fishery Resources Exploitation and Utilization, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, South China Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Guangzhou, 510300, China.
Scientific data
|March 24, 2025
概括
为白斑脚 (S. canaliculatus) 创建了一个染色体级的基因组组合. 这种资源有助于对其有毒腺体的研究,并支持这种经济重要鱼类的遗传育种.
科学领域:
- 海洋基因组学 海洋基因组学
- 水产养殖遗传学 水产养殖遗传学
- 鱼类生物学 鱼类生物学
背景情况:
- 白斑脊脚 (S. canaliculatus) 是一种有毒棘的有价值的海洋鱼.
- 缺少基因组组装阻碍了S. canaliculatus的遗传研究和繁殖.
- 了解其毒性腺体的基因组基础至关重要.
研究的目的:
- 为S. canaliculatus提供高质量的染色体层次的基因组组合和注释.
- 为未来的研究和水产养殖发展提供基础资源.
- 促进对S. canaliculatus.遗传机制的研究.
主要方法:
- 利用多种omics技术进行基因组组装和注释.
- 使用Hi-C技术将序列固定到24个伪染色体中.
- 使用BUSCO评估基因组质量并预测蛋白质编码基因.
主要成果:
- 实现了547.39 Mb的基因组组装,其中95.32%的序列被分配给伪染色体.
- 通过98.6%的完整BUSCO基因,确认了高质量的组装.
- 预测了25,323个编码蛋白质的基因,其中96.96%的功能注释.
结论:
- 染色体层次的基因组组装和注释为S. canaliculatus研究提供了必要的资源.
- 这种基因组资源将推进遗传育种计划.
- 促进分子研究,包括毒性腺发育的机制.


