在老鼠胎儿发育和解剖学中3'-UTR替代多基解的动态景观
Qin Wang1, Xin Chen1, Xiao-Ou Zhang1
1Shanghai Key Laboratory of Maternal and Fetal Medicine, Clinical and Translational Research Center of Shanghai First Maternity and Infant Hospital, Frontier Science Center for Stem Cell Research, School of Life Sciences and Technology, Tongji University, Shanghai, 200092, China.
Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
|March 24, 2025
概括
替代裂变和多化 (APA) 产生了多样化的mRNA 3'未翻译区域 (3'-UTRs),影响了发育. 这项研究揭示了小鼠的组织特异性APA,提供了对基因调节和新数据库APApedia的见解.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 发展生物学 发展生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 在3'-未翻译区域 (3'-UTR) 中的替代裂变和多化 (APA) 会产生具有多种3'-UTR的mRNA转录.
- 在哺乳动物的发育和器官生成中,APA起着至关重要的作用.
研究的目的:
- 在各种小鼠胎儿组织和发育阶段进行3'-UTR APA的表征.
- 调查APA的调控机制和进化保护.
- 开发一个全面的APA事件数据库.
主要方法:
- 分析了来自12种小鼠胎儿组织类型和8个发育阶段的85个高质量的RNA测序 (RNA-seq) 数据集.
- 生物信息分析的多基化 (pA) 站点使用,序列动机,和进化保存.
- 开发 APApedia 数据库.
主要成果:
- 46.4%的表达基因表现出组织特异性的APA.
- APA作为一种超越转录的基因调节层.
- 在小鼠和人类之间,APA地点选择在进化上是保留的.
- 大脑组织表现出复杂的APA发育动态,可能涉及Rbm38.8等RNA结合蛋白.
- 替代3'-UTR与改变的微RNA结合位和丰富的可转移元素有关.
结论:
- APA是转录多样性的重要驱动因素,具有组织特异性和发育调节.
- 已识别的APA事件和APApedia数据库为研究发育中的基因调节提供了宝贵的资源.
- 了解APA动态对于破译小鼠胎儿发育中的功能影响至关重要.
关键词:
3′-UTR APA 3′-UTR APA APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-UTR APA 3′-U38亿元人民币 (Rbm) 的胎儿大脑的发育 胎儿大脑的发育小鼠胎儿发育的过程可转移的元素可以转移.
