准备强大的合成对照样本,并将其用于metatranscriptomic临床试验
Ryan Toma1,2, Lan Hu3,4, Guru Banavar3,4
1Viome Research Institute, Viome Life Sciences, Inc., Seattle, WA, USA. ryan.toma@viome.com.
Scientific reports
|March 25, 2025
概括
合成控制 (SCs) 为元转录组学 (MT) 诊断提供了一个新的解决方案. 这些易于生产,具有成本效益的样本确保了高质量的控制,为分子诊断中广泛采用MT测试铺平了道路.
科学领域:
- 分子诊断学 分子诊断学
- 转录代码组学 (Metatranscriptomics) 是一种关于转录代码组学的学科.
- 基因组控制对基因组进行控制.
背景情况:
- 超转录组学 (MT) 对分子诊断具有显著的前景.
- 为MT诊断模型生成可靠的阳性和阴性对照是具有挑战性的,因为样本的复杂性.
- 患者来源的控制引入了后勤问题,测试变异性,并阻碍了高吞吐量操作.
研究的目的:
- 开发和验证一种用于MT诊断测试生成合成控制 (SC) 样本的方法.
- 克服高通量临床实验室环境中患者来源控制的局限性.
主要方法:
- 开发了一种生成合成控制 (SC) 的方法,模仿临床标本的核酸签名.
- 生产的合成阳性对照 (SPC) 样本.
- 在高通量自动化CLIA实验室环境中验证的SPC.
主要成果:
- SCs可以以经济高效的方式大量生产 (>100,000/放大周期).
- 经过验证的SPC显示出强有力的积极信号 (平均OC风险得分为0.996).
- 在临床实验室中,通过SPC (%CV为0.29%) 实现了高可重复性.
结论:
- 合成控制 (SCs) 为基于MT的诊断测试提供了一种新的,高质量的控制解决方案.
- SCs的生产方便和成本效益使得高通量诊断测试成为可能.
- 采用SCs可以加速MT在分子诊断中的广泛临床使用.
