在药物动力学文献中的表格的自动分类管道
Victoria C Smith1,2, Ferran Gonzalez Hernandez3, Thanaporn Wattanakul4
1Institute of Health Informatics, University College London, London, UK. v.smith.20@ucl.ac.uk.
本研究引入了一种自动化方法,用于识别科学文献中的药理动力学 (PK) 数据表,显著提高了药物开发效率. 该系统准确地提取关键的体内PK参数和人群特征,以便更好地选择候选药物.
科学领域:
- 药理动力学和药物开发
- 计算生物学和生物信息学
- 科学文献 数据挖掘 科学文献 数据挖掘
背景情况:
- 药物动力学 (PK) 模型对于优化药物候选物选择和药物研究中的剂量策略至关重要.
- 将现有化合物的先前知识整合到临床前和人群PK模型中,提高了它们的预测能力.
- 从科学文献中手动整理PK数据是耗时的,低效的,并且限制了可扩展性.
研究的目的:
- 开发一种自动化工具,用于识别含有体内药业动力学参数的表格,并在科学文献中研究种群特征.
- 解决从研究出版物中有效和可扩展地提取PK数据的关键需求.
主要方法:
- 创建一个由专家注释的2640表的药理学文献库,用于监督学习.
- 开发一个分类管道,整合各种表格特征和表示.
- 利用GPT-4来完善对模两可的情况的预测,提高准确性.
主要成果:
- 开发的分类管道实现了高性能,在所有已识别的表类中,F1得分超过96%.
- 该管道成功地应用于PubMed Central. 的大量开放式 PK 论文.
- 提取的数据被集成到可在www.pkpdai.com.com上使用的PK纸质搜索工具中.
结论:
- 这项研究提出了自动化提取PK表数据的基本步骤,大大简化了数据集策划.
- 库和代码的公开可用性有助于进一步研究和开发自动化科学数据提取.
- 开发的工具提高了PK数据的可访问性和实用性,用于药物开发和研究.
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