人体肠道微生物组中酸表观基因组的时间动态和元基因组学

科学领域:

• 微生物组研究 微生物组研究
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 转基因组学是指转基因组学.

背景情况:

• 表观遗传调节对微生物群落至关重要,涉及DNA修饰,如酸化 (PT).
• 由dnd和ssp基因催化的PT,涉及将硫纳入DNA骨干.
• 在人类肠道微生物群中,PT和其他表观遗传标记的作用仍然在很大程度上是未知的.

研究的目的:

• 描述 PT 修饰的肠道微生物的景观和时间动态.
• 在人类肠道微生物组中优化和应用分析PT的先进技术.

主要方法:

• 优化了便DNA提取,质谱和元基因组学技术.
• 利用PT-seq对含有PT的细菌进行特定部位的元基因组分析.
• 在小鼠和人类便DNA中分析了PT二核酸.

主要成果:

• 在小鼠肠道微生物中确定了11种PT二核酸,在人类肠道微生物组中发现了不同的组合.
• 估计在5-10%的肠道微生物中发现了PT修饰,其动态与m6dA相似.
• PT-seq揭示了带有PT修饰的细菌类,并检测了质谱学遗漏的低丰度PT位点.

结论:

• 为了解人类肠道微生物群中的PT表观遗传标记建立了一个基准.
• 证明了质谱和PT-seq对微生物组表观遗传学的互补性.
• 突出了PT修改对肠道炎症状况的影响.