关于开发,组装和测试合成皮肤微生物群体的协议
Deepan Thiruppathy1, Asama Lekbua2, Joanna Coker3
1Division of Host-Microbe Systems & Therapeutics, Department of Pediatrics, University of California, San Diego, 9500 Gilman Drive, La Jolla, CA 92093-0760, USA; Department of Bioengineering, University of California, San Diego, La Jolla, CA 92093-0412, USA.
STAR protocols
|March 26, 2025
概括
这项研究引入了一个可复制的协议,用于构建一个合成微生物社区 (SkinCom),以研究人类皮肤微生物组. 该系统通过对微生物群落进行详细分析,帮助研究皮肤健康和疾病.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 了解人类皮肤微生物群对于皮肤健康和疾病研究至关重要.
- 需要可复制的研究系统来研究微生物的作用.
- 现有的方法缺乏用于合成社区建设的标准化方法.
研究的目的:
- 提出一个详细的协议,以创建一个合成微生物社区 (SkinCom) 的九个占主导地位的人类皮肤菌株.
- 为分析微生物社区动态和多原子数据提供一个框架.
- 建立一个可复制的系统来研究皮肤微生物群对健康和疾病的影响.
主要方法:
- 为计算增长指标和构建合成社区开发协议.
- DNA提取,图书馆准备和猎枪测序.
- 社区样本的数据预处理和分析管道.
- 在表皮皮的小鼠模型中应用,并进行下游多原子分析.
主要成果:
- 成功构建了一个由九个菌株组成的合成皮肤微生物群落 (SkinCom).
- 详细的方法论可重复社区组装和分析.
- 在多原子研究的小鼠模型中,SkinCom的实用性得到证明.
结论:
- 皮肤Com协议为研究人类皮肤微生物组提供了一个可复制的系统.
- 这种合成社区能够在皮肤健康和疾病研究中进行先进的多原子分析.
- 该协议促进了对皮肤微生物生态系统内的复杂相互作用的标准化研究.
相关概念视频
iChip
The cultivation of environmental microorganisms has long been hindered by the inability to replicate complex native conditions in vitro. The isolation chip (iChip) addresses this limitation by facilitating the growth of previously uncultivable microorganisms through in situ incubation. Designed for high-throughput microbial cultivation, the iChip comprises hundreds of microchambers, each capable of housing a single microbial cell. These microchambers are loaded with a mixture of molten agar and...
The Skin Microbiota
The human skin serves as a complex ecosystem inhabited by a diverse community of microorganisms, including bacteria, fungi, and viruses. This microbiome plays a critical role in maintaining skin health and defending against pathogenic invaders. The composition of microbial communities varies significantly across different regions of the body, influenced primarily by the local levels of moisture and sebum.Regional Variation in Skin MicrobiotaCutibacterium acnes predominantly colonizes sebaceous...


