ATAC-Seq和RNA-Seq的综合分析确定了影响宁翔猪肌肉发育的关键基因
Wenhua Tan1,2, Chenxi Liu1,2, Juan Liu1,2
1Key Laboratory of Livestock and Poultry Resources (Pig) Evaluation and Utilization, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, College of Animal Science and Technology, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China.
International journal of molecular sciences
|March 27, 2025
概括
这项研究揭示了利用ATAC-seq和RNA-seq的宁夏猪影响骨肌肉发育的关键遗传和表观遗传因素. 结果确定了柔软肉特征的关键基因和转录因子.
科学领域:
- 动物遗传学和动物基因组学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 猪肉生产特征在经济上具有重要意义,由骨肌肉发育驱动.
- 骨肌肉的发育涉及一个复杂的转录网络,受色素可访问性的影响.
- 宁翔猪因其柔软的肉而受到重视,但它们的骨肌肉发育缺乏表观遗传学研究.
研究的目的:
- 调查宁猪骨肌肉发育期间的染色质可访问性和基因表达动态.
- 确定影响骨肌肉形成的关键调节元素和转录因子.
- 为了解这种品种的肉质背后的遗传和表观遗传机制提供见解.
主要方法:
- 在五个出生后的时间点 (D14,D28,D85,D165,D250) 从宁翔猪身上收集了长腰背肌肉样本.
- 在肌肉组织上进行了转化酶可访问的染色体测序 (ATAC-seq) 和RNA测序 (RNA-seq).
- 进行了差异分析,动机分析和染色质可访问性和基因表达之间的相关性分析.
主要成果:
- 识别了6412个不同可访问的染色体峰值和1464个不同发育阶段不同表达的基因.
- 动机分析确定了像Fosl2和JunB这样的转录因子作为潜在的调节者.
- 发现基因表达和染色质可访问性之间存在强烈的正相关性,突出了56个重叠基因,包括HOXA10.
结论:
- 这项研究阐明了宁翔猪骨肌肉发育的表观遗传情景.
- 确定了关键的候选基因和转录因子,这些基因和转录因子调节肌肉形成和肉的柔软性.
- 为未来的分子育种策略奠定基础,以提高猪肉质量.
