在临床诊断重复扩张障碍的ONT:检测和报告挑战

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 临床诊断 临床诊断 临床诊断
• 神经学 神经学

背景情况:

• 短读全基因组测序 (WGS) 是标准的,但与短串重复 (STR) 斗争.
• STR扩张会导致50多种神经系统疾病,包括亨廷顿病和弗里德里希的性衰竭.
• 准确诊断STR重复扩张障碍对于患者管理至关重要.

研究的目的:

• 评估一个分层测序方法,将短读和长读WGS结合起来,用于诊断STR重复扩张障碍.
• 评估牛津纳米孔 (ONT) 长读测序在表征复杂的STR变体中的实用性.

主要方法:

• 分析了2689个运动障碍和痴呆症表型病例,采用双层方法.
• 最初的短读WGS,然后在必要时进行ONT长读序列,以进行变体表征.
• 专注于识别和表征RFC1,FGF14和FXN等基因中的STR变异.

主要成果:

• 在75.8%的病例中发现了临床相关的遗传变异.
• 在16.6%的阳性病例中 (338/2038) 发现了STR变异,其中一半需要长时间阅读分析.
• 结合方法精确地确定了重复的长度,组成,体质马赛克和甲基化状态,检测出复杂的重复结构.

结论:

• 一个结合的短读和ONT长读测序策略可以提高重复扩张障碍的诊断.
• 长读数测序对于表征复杂的STR,体质马赛克和等位基相变化至关重要.
• 需要进一步的研究来制定标准化指导方针来解释临床诊断中长时间读取的测序数据.