一种综合计算方法用于识别棉花宿主植物微RNA,这些微RNA有可能减轻CLCuKoV-Bur感染
Muhammad Aleem Ashraf1,2, Imran Shahid3, Judith K Brown4
1Institute of Tropical Biosciences and Biotechnology, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, China.
Viruses
|March 27, 2025
概括
这项研究确定了棉花微RNAs (miRNAs),可以向棉花叶卷曲科赫兰病毒 (CLCuKoV-Bur) DNA,提供一种潜在的RNA干扰策略,用于培养棉花植物的抗病能力.
科学领域:
- 植物病毒学 植物病毒学
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 棉花叶卷曲病 (CLCuD),是由棉花叶卷曲科赫兰病毒 (CLCuKoV-Bur) 引起的,对棉花生产构成重大威胁.
- CLCuKoV-Bur是一种属于Begomovirus属的单链DNA病毒,由白Bemisia tabaci传播.
- RNA干扰 (RNAi) 是一种天然的基因调节过程,具有抗病毒策略的潜力.
研究的目的:
- 研究棉花基因组编码的microRNAs (ghr-miRNAs) 针对CLCuKoV-Bur mRNAs的潜力.
- 确定可用于在高地棉花中开发CLCuD耐药性的特定ghr-miRNAs.
主要方法:
- 利用了四种在线生物信息学工具 (RNA22,psRNATarget,RNAhybrid,TAPIR) 进行miRNA结合部位的in silico预测.
- 从miRBase (v22) 选择了80个经过实验验证的棉花miRNA.
- 针对CLCuKoV-Bur基因组 (AM421522) 编码和非编码序列的精选ghr-miRNAs的杂化.
主要成果:
- 鉴定了18个ghr-miRNAs,这些ghr-miRNAs显示出结合CLCuKoV-Bur序列的潜力,由两到四个预测算法验证.
- 所有四个算法都一致预测了ghr-miR399d作为CLCuKoV-Bur基因组内的最佳目标.
- 使用Circos软件为CLCuKoV-Bur开放阅读框架开发了一个in silico ghr-miRNA调节网络.
结论:
- 这些发现代表了对ghr-miRNAs的首次预测,具有针对CLCuD的潜在治疗应用.
- 已识别的ghr-miRNAs,特别是ghr-miR399d,可以作为设计人工miRNA (amiRNA) 沉默结构的基础.
- 这项研究为开发基于RNAi的新策略提供了基础,以增强高地棉花中CLCuD耐药性的基础.
