酵母细胞中DNA损伤的蛋白质生物标志物用于基因毒性查
Yushi Jin1, Boyuan Xue1, Xiaohong Zhou1
1Center for Sensor Technology of Environment and Health, School of Environment, Tsinghua University, Beijing 100084, China.
我们开发了一个酵母模型来绘制DNA损伤反应途径,识别了15种蛋白质生物标志物用于基因毒性查. 这种蛋白质组测定为评估化学毒性提供了快速,高效的替代方案.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 细胞生物学 细胞生物学
- 毒理学 毒理学 毒理学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
背景情况:
- 基因毒性查对于识别破坏DNA的物质至关重要.
- 了解DNA损伤反应 (DDR) 网络对于精确的查至关重要.
- 细菌酵母菌 (Saccharomyces cerevisiae) 是细胞研究中一个成熟的模型生物.
研究的目的:
- 在酵母中创建DNA损伤反应网络的全面地图.
- 为了识别蛋白质生物标志物,表明DNA损伤.
- 开发和验证使用这些生物标志物进行基因毒性评估的计算模型.
主要方法:
- 在S. cerevisiae中构建了一个DNA损伤响应网络地图.
- 使用了与GFP合的酵母菌株,暴露于基因毒剂.
- 在八个已记录的DNA损伤反应途径中确定了15种蛋白质生物标志物.
- 开发了统计和深度学习模型来解释蛋白质效应水平指数 (PELI).
主要成果:
- 成功确定了15种参与DNA损伤反应的蛋白质生物标志物.
- 基于标准偏差的模型显示出高性能 (R2=0.916与SOS/umu相比,R2=0.989与彗星试验相比).
- 以酵母为基础的蛋白质组测试提供了途径激活数据,分钟级分辨率.
结论:
- 开发的酵母模型和已识别的生物标志物为基因毒性查提供了一个强大的平台.
- 这种蛋白质组测定为传统方法提供了快速,高效和机械的替代方案.
- 这些发现支持环境和健康风险评估中的应用.
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