通过单细胞NanoATAC-seq2发现的小鼠早期胚胎的染色质可访问性景观
Mengyao Li1,2,3,4, Zhenhuan Jiang1,2,3, Xueqiang Xu1,2
1Biomedical Pioneering Innovative Center, School of Life Sciences, Peking University, Beijing, China.
Science (New York, N.Y.)
|March 27, 2025
概括
这项研究使用单细胞长读测序绘制了小鼠早期胚胎中的染色质可访问性. 它揭示了在发育和谱系规范过程中的关键表观遗传变化.
科学领域:
- 发育生物学
- 表观遗传学
- 基因组学
背景情况:
- 哺乳动物的发育涉及受精卵的全基因组表观遗传重新编程.
- 在植入前了解单细胞分辨率的表观遗传动力学至关重要,但不完整.
- 现有的方法对于早期的稀缺样本可能不理想.
研究的目的:
- 开发和应用一种使用长读测序的新型单细胞测定.
- 以单细胞分辨率绘制小鼠植入前发育过程中的色素可访问性景观.
- 调查母细胞转化和血统分离期间的表观遗传动力学.
主要方法:
- 使用长读数测序的scNanoATAC-seq2的一个单细胞测定.
- 在小鼠植入前胚胎的稀缺样本上应用scNanoATAC-seq2.
- 分析染色体可访问性景观,包括重复元素和印记.
主要成果:
- 产生了小鼠植入前发育的详细染色质可访问性景观.
- 在表皮细胞,原始内皮细胞和皮细胞系中发现了不同的染色体特征.
- 在母体转化为胚胎的过程中,在胚胎和双细胞胚胎之间观察到显著的染色质可访问性重编程.
- 单细胞长读测序使得非正规印记和印记X染色体不活化的分析成为可能.
结论:
- 在早期发育过程中,scNanoATAC-seq2有效地分析稀缺样本中的染色质可访问性.
- 这项研究为哺乳动物植入前发育过程中的染色体动力学和表观遗传重编提供了新的见解.
- 这些发现揭示了早期胚胎中基因分化和基因组调节的表观遗传机制.
