开发IPF预后模型和基于冷暴露相关基因的关键基因查,使用生物信息学方法
Peiyao Luo1,2, Quankuan Gu1,2, Jianpeng Wang1,2
1Department of Critical Care Medicine, The First Affiliated Hospital of Harbin Medical University, Harbin 150001, China.
Biomedicines
|March 28, 2025
概括
暴露于寒冷可能会影响异常性肺纤维化 (IPF) 的进展. 生物信息学确定了与暴露于寒冷有关的基因 (CERG),以开发预后模型,揭示了IPF严重程度的潜在生物标志物.
科学领域:
- 环境健康 环境健康
- 肺部医学 肺部医学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 暴露于寒冷会影响呼吸道疾病,但其在异常性肺纤维化 (IPF) 中的作用尚不清楚.
- 异形性肺纤维化 (IPF) 是一种进展性肺部疾病,具有显著的未满足需求.
- 了解环境因素,如暴露于寒冷,对于IPF管理至关重要.
研究的目的:
- 调查暴露于寒冷和异常性肺纤维化 (IPF) 之间的潜在联系.
- 为了确定与IPF相关的冷暴露相关基因 (CERG).
- 根据CERG开发IPF的预后模型.
主要方法:
- 来自暴露于寒冷的小鼠的RNA-Seq数据和跨物种的正确基因转换来识别151个CERG.
- 共识聚类将IPF患者分成具有明显临床特征的子组.
- 单变体,多变体和拉索-考克斯回归分析以建立一个九基因预后模型.
主要成果:
- IPF患者被分为两个分组,其中缺氧,EMT,GAP得分,免疫透和死亡率有显著差异.
- 基于CERG的9基因预后模型显示,与GAP得分 (AUCs:0.66-0.75) 相比,其预测准确度更高 (AUCs:0.81-0.91).
- 在IPF中发现了六种与暴露于寒冷相关的高风险特征基因 (GASK1B,HRK1,HTRA1,KCNN4,MMP9,SPP1).
结论:
- 暴露于寒冷是导致IPF进展的潜在环境因素.
- 开发的预后模型有效地评估了IPF患者的严重程度.
- 已识别的特征基因可以作为IPF的新生物标志物和治疗点.
