优化原酶蛋白质组学,以改善质谱仪成像标识
Jade K Macdonald1, Stephen C Zambrzycki1, Harrison B Taylor1
1Department of Cell and Molecular Pharmacology and Experimental Therapeutics, Medical University of South Carolina, Charleston, South Carolina 29425, United States.
Analytical chemistry
|March 28, 2025
概括
这项研究介绍了原酶作为一种新的蛋白酶,用于分析在甲固定,嵌组织中的细胞外基质 (ECM). 优化的方法提高了用于空间ECM分析的鉴定.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物化学 生物化学
- 质谱仪成像成像 质谱仪成像
背景情况:
- 细胞外基质 (ECM) 对于组织结构和细胞通信至关重要,但其在甲固定,嵌 (FFPE) 组织中的分析具有挑战性.
- 在FFPE组织中的原蛋白存在分析困难,原因是修饰,蛋白含量和不可溶性.
- 第三种类型的原酶为组织ECM成像提供了一种新方法,但其产生的需要特定的分析方法.
研究的目的:
- 为了将原酶作为一种蛋白质酶进行ECM向液体染色学捕获离子移动性光谱学双重质谱学 (LC-TIMS-MS/MS) 和矩阵辅助激光/脱离离离离离子质谱成像 (MALDI-MSI) 工作流程的特征化.
- 在FFPE组织中优化原酶生成的序列,用于MALDI-MSI识别.
- 为了在复杂的生物样本中比较原酶和素消化剂,用于ECM丰富性评估.
主要方法:
- 利用III型原酶用于FFPE组织的组织消化.
- 使用LC-TIMS-MS/MS和MALDI-MSI进行蛋白质组分析.
- 使用可溶性老鼠尾部原蛋白作为标准来比较和原酶裂解部位.
- 优化样本准备,MS数据采集和数据库搜索对原酶消化物的数据库.
主要成果:
- 为原酶导向的ECM蛋白质工作流程开发和优化方法.
- 确定了最佳参数,包括组织上消化,液体表面提取 (LSE),单次充电的包含,以及用于数据库搜索的非特异性裂变.
- 从FFPE组织中获得了增强的原酶生成谱匹配和MALDI-MSI识别.
结论:
- 原酶是一种有效的蛋白酶酶,用于在FFPE组织中进行向ECM分析.
- 使用MALDI-MSI建立了可重复识别原酶生成的综合参数.
- 这项研究可以通过优化原酶导向的蛋白质组工作流来对ECM进行有针对性的空间分析.
