教程:针对人口规模关联分析的全外体和全基因组测序数据的质量过指南
Julia M Sealock1,2, Franjo Ivankovic3,4, Calwing Liao3,4
1Analytic and Translational Genetics Unit, Department of Medicine, Massachusetts General Hospital, Boston, MA, USA. jsealock@broadinstitute.org.
Nature protocols
|March 29, 2025
概括
基因测序数据的质量控制对于准确的人口研究至关重要. 本教程提供了选变体和基因型的指导方针,以确保可靠的遗传关联分析.
科学领域:
- 遗传学 遗传学 是一个
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 基因测序,包括全外体和全基因组测序,对于识别与孟德尔特征和复杂特征相关的遗传变异至关重要.
- 精确和可重复的人口规模遗传研究取决于对测序数据的严格质量控制,以区分真实变体和技术工件.
研究的目的:
- 解决在人口规模关联研究中对变异级数据集进行质量过的标准化管道的缺乏.
- 提供指导方针和比较软件,用于测序数据中的样品,变体和基因型的质量控制.
主要方法:
- 讨论基因测序数据的关键质量控制参数.
- 对样品和变体进行质量过的指导方针.
- 常用软件的比较,用于样品,变体和基因型的质量控制.
主要成果:
- 强调在遗传研究中需要标准化质量控制实践.
- 强调过测序数据的重要性,以确保准确性和可重复性.
- 将可用于变异和基因型质量控制的各种软件工具进行比较.
结论:
- 建立对基因测序数据的标准化质量控制实践对于一致和可靠的结果至关重要.
- 有效的样本,变异和基因型的高质量过是强大的人口规模关联分析所必需的.
- 本教程旨在指导研究人员实施测序数据质量控制的最佳实践.
更多相关视频
09:06High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq
Published on: October 5, 2018
10.9K
09:34Targeted Next-generation Sequencing and Bioinformatics Pipeline to Evaluate Genetic Determinants of Constitutional Disease
Published on: April 4, 2018
35.0K
