通过Chem-CLIP与毛细管电泳和纳米孔测序相协同地绘制小分子-RNA结合点的地图
Xueyi Yang1,2, Jielei Wang1,2, Noah A Springer1,2
1Department of Chemistry, The Herbert Wertheim UF Scripps Institute for Biomedical Innovation & Technology, 130 Scripps Way, Jupiter, FL 33458, United States.
Nucleic acids research
|March 29, 2025
概括
开发针对RNA的小分子药物需要精确识别结合部位. 本研究介绍了共价化学方法来描述这些相互作用,并精确确定RNA分子上的结合位置.
科学领域:
- 生物化学 生化学
- 化学生物学 化学生物学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 目标验证和结合部位识别对于开发与RNA相互作用的小分子药物至关重要.
- 了解小分子-RNA相互作用对于药物发现和化学探针开发至关重要.
研究的目的:
- 描述针对小分子-RNA相互作用进行分析的优化协议.
- 用共价化学来定义RNA目标上的小分子的结合点.
- 评估不同的反应模块,用于将小分子交叉链接到RNA.
主要方法:
- 使用共价化学与各种反应模块 (N-chloroethyl aniline,diazirine) 附加到小分子中.
- 采用了两个平台来阐明核酸交叉链接:自动毛细管电泳 (RT停止) 和纳米孔测序.
- 研究了不同交叉连接部分的反应性和特异性.
主要成果:
- 与迪亚齐林探针相比,N-chloroethylaniline探针显示出更高的反应性和特异性.
- 在接近小分子结合部位的核酸中形成的共价添加物,与交叉链接模块不同.
- 自动毛细管电泳通过逆转录酶 (RT) 停止识别了结合部位.
- 纳米孔测序通过在补充DNA合成过程中诱导突变来检测交叉链接.
结论:
- 开发了广泛适用的方法,用于推进针对RNA的化学探测器.
- 能够精确识别RNA上的小分子结合点.
- 使用共价化学方便了RNA结合分子的高通量选.


