利用HILIC/ERLIC分离方法在线纳米级LC-MS/MS分析来自RNA聚合酶II C终端域的基异型
Scott B Ficarro1, Deepash Kothiwal2, Hyun Jin Bae2
1Department of Cancer Biology and Blais Proteomics Center, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, MA 02215, USA; Department of Pathology, Brigham and Women's Hospital and Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA.
概括
这项研究介绍了静电排斥水友相互作用 (ERLIC) 染色学作为分析RNA聚合酶II C终端域 (CTD) 酸化模式的优越方法. 埃尔利克 (ERLIC) 改进了用于质谱的类的分离,有助于转录研究.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物化学 生物化学
- 染色体学 染色体学是什么
背景情况:
- 细胞RNA聚合酶II (Pol II) 转录mRNA并协调mRNA的处理.
- 波尔II最大的子单元Rpb1包含一个C端域 (CTD) 与重复的七度序列.
- 动态酸化CTD七度组生成一个调节基因转录的代码.
研究的目的:
- 为了评估水友互动和静电排斥水友互动 (HILIC和ERLIC) 染色学用于CTD分析.
- 为了解决逆相色谱在解化异型的局限性.
- 改进CTD酸化的基于质谱的分析.
主要方法:
- 工程蛋白酶切割部位进入CTD (msCTD) 进行生成.
- 使用合成CTD酸用于染色学方法的开发.
- 将逆相色谱与HILIC和ERLIC进行相比较,用于光分离.
- 使用LC-MS/MS.分析本地酵母的msCTD酸化模式.
主要成果:
- 与相反相位方法相比,ERLIC染色学表明单双化CTD的分离得到了改进.
- 对本地酵母mscTD的分析确定了Ser5和Ser2酸化作为主要的内源性化形式.
- 开发的方法方便通过LC-MS/MS对CTD的序列分析.
结论:
- ERLIC是一种更有效的染色学技术,用于分析CTD光异型.
- 这种方法增强了对生物途径中复杂酸化事件的调查.
- 这些发现推动了通过CTD酸化代码对基因转录调节的研究.
