一个双模式向的纳米孔测序试验,用于全面的SMN1和SMN2变体分析

科学领域:

• 遗传学 是一个遗传学.
• 分子生物学分子生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 脊椎肌肉缩 (SMA) 是一种常见的遗传疾病,有可用的治疗方法.
• 准确识别所有遗传变异对于有效的SMA查和诊断至关重要.
• SMN1和SMN2基因之间的高序列同质性使遗传分析复杂化.

研究的目的:

• 开发和验证一个可扩展,具有成本效益的SMA查和诊断平台.
• 为了克服SMN1/SMN2基因同质性在遗传测试中的挑战.
• 实现SMA测试的普遍实施,特别是在资源有限的环境中.

主要方法:

• 开发和优化基于PCR的双模式目标丰富方法.
• 应用任意长度的纳米孔测序来分析SMN1和SMN2基因安普利康 (3-8个外显子).
• 使用变量调用模型来检测序列和副本数量变量,使用paralog特定序列和读取深度数据.

主要成果:

• 该试验在750多个不同的样本中实现了98%以上的基因型一致性.
• 检测到单核酸变异,插入/删除,以及副本数变异的精度很高.
• 演示了9小时的周转时间,4小时的实践时间和动态样本吞吐量.

结论:

• 开发的PCR/纳米孔测序试验是可扩展和部署的SMA遗传测试的概念验证.
• 该测试的成本效益和可访问性支持其在SMA计划中普遍实施的潜力.
• 这种方法可以显著改善对SMA载体查和诊断测试的准入,特别是在低收入和中等收入国家.