在快速有效的DNA提取协议的帮助下,在绿叶蔬菜上检测原生虫寄生虫的元基因组检测
Sohail Naushad1, Ruimin Gao1, Marc-Olivier Duceppe1
1Ottawa Laboratory Fallowfield, Canadian Food Inspection Agency, Ottawa, ON, Canada.
Frontiers in microbiology
|March 31, 2025
概括
一种新的元基因组下一代测序 (mNGS) 试验准确地检测出新鲜农产品上低水平的原生虫寄生虫. 这种快速方法通过同时识别多种寄生虫物种来提高食品安全.
科学领域:
- 食品科学 食品科学 食品科学
- 寄生虫学的寄生虫学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 新鲜产品的原生虫寄生虫污染构成了严重的食品安全风险.
- 目前的检测方法不足以及时准确识别,阻碍了风险减轻.
研究的目的:
- 开发和验证一种快速,准确的下一代元基因组测序 (mNGS) 试验,用于检测新鲜农产品上的原生虫寄生虫.
- 建立一种单一的,通用的方法来识别各种食源寄生虫,并将其分类为疫情调查.
主要方法:
- 开发了一种mNGS试验,使用MinION测序来识别刺的菜样本中的寄生虫.
- 优化样品制备,包括快速卵巢/囊溶解和DNA提取/放大.
- 利用纳米孔测序和生物信息分析进行微生物识别,并通过Ion Gene Studio S5.5进行验证.
主要成果:
- 在3分钟内实现了寄生虫的有效溶解,使敏感DNA检测成为可能.
- 一致性地发现只有100个C. 每25克的生菜中,都会有几个卵囊.
- 成功检测和分化了多种原生动物物种,包括C. 帕,C. hominis,C. muris,G. duodenalis,以及T. hominis,这些都是我们所知道的. 地 (Gondii) 是一个
结论:
- 新的mNGS测定提供了一种敏感和特定的方法,用于检测新鲜产品上的食源原生虫寄生虫.
- 这种测试有可能成为食品安全监测,疫情调查和寄生虫亚型识别的通用工具.
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