用长读序列测序对色素景观进行无标签概况的甲基化伪时间分析

科学领域:

• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 忠实的表观遗传对细胞身份至关重要.
• 对于命令表观遗传修饰的现有方法在分辨率和方法上有局限性.
• 表观遗传修饰在染色质结构中的作用尚未完全理解.

研究的目的:

• 引入一种名为MPATH (Methylation Pseudotime Analysis Through read-level Heterogeneity) 的新的,没有标签和转换的方法.
• 从单分子甲基化模式推断复制后的DNA链成熟度.
• 研究染色体恢复动力学和表观遗传遗传.

主要方法:

• MPATH利用单个DNA分子中的甲基化模式来确定链成熟度.
• 该方法没有标签和转换,避免了破坏性的实验步骤.
• MPATH适用于从NOMe-seq和分阶段读取的长读取.

主要成果:

• 在线粒遗传过程中,MPATH成功地命令氧甲基化.
• 在cis调节元件中的CpG在子细胞周期时间尺度上表现出甲基化状态转换.
• 用NOMe-seq长读法发现了核细胞占用率和DNA成熟度之间的关系.
• 与 X 染色体活性相关的基因特异性伪基因分发被观察到以阶段性读取.

结论:

• MPATH提供了一个新的工具来研究细胞周期期间的动态表观遗传变化.
• 该方法提供了对染色质恢复和表观遗传遗传的见解.
• 将MPATH与多模式测序相结合,可以增强对表观遗传动态的理解.