赛托菲诺:在流量和质量细胞计学中自动描述细胞类型命名
Amanda R Tursi1,2, Celine S Lages3,4, Kenneth Quayle3
1Department of Biomedical Informatics, University of Cincinnati College of Medicine, Cincinnati, OH, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|March 31, 2025
概括
赛托菲诺通过赋予标记物定义和细胞类型名称来自动化细胞表型. 该工具增强了复杂的细胞计数据的分析,提高了研究人员的准确性和效率.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 计算生物学 计算生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 细胞测量可以测量许多细胞标记物,从而产生复杂的数据集.
- 细胞群的手动表型化是耗时的,主观的,容易出错的.
研究的目的:
- 开发一个自动化工具,CytoPheno,用于将标记物定义和细胞类型名称分配给未识别的细胞群.
- 解决细胞计量数据分析中手动表型定型的局限性.
主要方法:
- 开发了一种用于自动表型化细胞测量数据的算法.
- 为蛋白质本体学标识符提供标准化标记名称.
- 将标记物描述与细胞类型匹配,使用细胞本体学.
- 将该工具集成到R Shiny图形用户界面中.
主要成果:
- 赛托菲诺成功地将标记物定义和细胞类型名称分配给细胞群.
- 该工具证明了对基准数据的性能.
- 图形用户界面提高了用户的可访问性和可解释性.
结论:
- 赛托菲诺提供了一个及时和公正的解决方案,用于表型化后集群细胞计量数据.
- 自动化方法减少了主观性和与手工方法相关的错误.
- 赛托菲诺可显著帮助研究人员解释复杂的流细胞计数据集.
