在单细胞分辨率下测量儿科急性淋巴细胞白血病的纵向全基因组克隆进化

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 癌症生物学 癌症生物学
• 儿科瘤学 儿科瘤学

背景情况:

• 儿童急性淋巴细胞白血病 (pALL) 通常可以通过多年化疗治愈,但治疗失败表明药物敏感性变化.
• 大量测序显示了pALL中有限的遗传变异,掩盖了真正的单细胞多样性.

研究的目的:

• 在单细胞水平上调查儿科急性淋巴细胞白血病 (pALL) 遗传异质性的程度.
• 了解先前存在的遗传多样性如何影响pALL.pALL的化疗反应.

主要方法:

• 采用了经过错误纠正的批量测序,单细胞外基因组测序和主模板定向放大 (PTA) 支持的单细胞基因组测序.
• 对来自四名pALL患者的150多个单细胞基因组进行了基于PTA的遗传学分析.

主要成果:

• 在单个pALL细胞中发现了大量的遗传多样性,每细胞的突变明显多于在批量样本中检测到的.
• 在一些ETV6-RUNX1样本和APOBEC驱动的突变性突变特征中确定了多个独立的ras克隆.
• 揭示了与基因变异和化疗期间低频克隆的优先选择相关的遗传表型.

结论:

• pALL表现出以前未被发现的遗传多样性,突变影响治疗反应.
• 了解单细胞遗传进化为开发更有效的PALL疗法提供了一个框架.