剧本工作流构建器:生物信息学工作流的交互构建

科学领域:

• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学
• 数据科学数据科学数据科学

背景情况:

• 生物信息学工作流程对于分析复杂的生物数据至关重要.
• 现有平台可能需要大量的技术专业知识,限制了可访问性.
• 整合各种数据源和可视化工具是一个挑战.

研究的目的:

• 引入Playbook Workflow Builder (PWB),这是一个基于Web的平台,用于构建和执行生物信息学工作流.
• 使用户,包括那些没有广泛的技术专业知识的用户,能够构建和运行复杂的分析.
• 证明PWB在产生假设和促进数据驱动研究方面的能力.

主要方法:

• 开发一个基于Web的平台,具有易于使用的界面,用于工作流构建.
• 集成输入数据集网络,语义注释的API端点和数据可视化工具.
• 实现一个聊天界面,辅助一个大语言模型 (LLM) 进行工作流设计.
• 确保与通用工作流语言 (CWL) 的兼容性,以执行和发布工作流.

主要成果:

• PWB允许通过图形界面或LLM辅助聊天来动态构建生物信息学工作流.
• 工作流产生全面的报告,包括文本描述,图形,表格和引用.
• 已证明的使用案例包括使用多个NIH共同基金数据集优先考虑癌症患者的药物标.
• 生成的工作流可以重复使用,用于使用不同输入数据进行类似分析.

结论:

• 该PWB使生物信息学工作流程的创建民主化,使复杂的分析可供更广泛的研究社区使用.
• 该平台通过整合各种生物数据和计算工具来支持假设生成.
• 由PWB生成的工作流可以发布和重新使用,加速科学发现和协作.