针对细菌新陈代谢的表征,进行了多个omics的相互分析
Gabriel Santos Arini1,2,3, Tiago Cabral Borelli1,2,3, Elthon Góis Ferreira4
1Computational Chemical Biology Laboratory, Department of BioMolecular Sciences, School of Pharmaceutical Sciences of Ribeirão Preto, University of São Paulo, São Paulo, Brazil.
这项研究提出了一种整合基因组学和代谢学数据的新方法,以从微生物天然产品中发现生物活性化合物. 这种方法成功地将特定化合物与海洋细菌分离物中的新生物合成基因集群联系起来.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 代谢学 代谢学 代谢学
背景情况:
- 微生物天然产品对于药物发现至关重要.
- 整合多omics数据 (基因组学,代谢组学) 是对注释基因和代谢产物具有挑战性的.
- 目前的注释工具分散,需要复杂的计算.
研究的目的:
- 开发和展示微生物天然产品发现的双向整合分析方法.
- 为了描述海洋细菌分离物BRA006,其生物合成基因集群 (BGCs) 和检测到的生物活性化合物.
主要方法:
- 使用Illumina和牛津纳米孔小ION进行基因组测序的比较.
- 使用数字DNA进行分类学分配:DNA杂交 (dDDH).
- 液体染色学-电子喷雾电离-高分辨率联质谱学 (LC-ESI(+) -HRMS/MS) 用于代谢学.
- 基因组学和代谢学数据的综合分析.
主要成果:
- 在分类学上,BRA006被归类为Micromonospora属中的潜在新物种.
- 综合性分析成功地将化合物Brevianamide F与以前未被描述的BCC相关联.
- 这证明了开发的方法在发现新型BGC化合物协会方面具有实用性.
结论:
- 提出的综合分析方法增强了从微生物来源发现生物活性化合物的能力.
- 这种方法有助于通过将它们与特定化合物联系起来来注释未经表征的基因和代谢物.
- 它为探索像BRA006.6这样的微生物分离物的生物合成潜力提供了一个框架.
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