新设计的基于amplicons的方法用于HIV-1组M重组形式的近全长基因组 (NFLG) 测序
Roy Moscona1,2, Tali Wagner3, Miranda Geva3
1Central Virology Laboratory, Ministry of Health, Public Health Services, The Chaim Sheba Medical Center, Tel HaShomer, Ramat gan, Israel. roymosc@post.bgu.ac.il.
Molecular biology reports
|April 4, 2025
概括
一种新的近全长基因组 (NFLG) 测序方法有效地表征HIV-1亚型和重组形式 (RF). 这种强大的方法,利用多重PCR和下一代测序,可以从临床样本中全面分析病毒基因组.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 人类免疫缺陷病毒1型 (HIV-1) 的全球传播导致了各种各样的亚型和重组形式 (RF).
- 准确识别HIV-1RFs和亚型需要全基因组测序,超越分析特定的基因区域,如pol.
- 现有的方法可能无法完全捕捉HIV-1基因组多样性和重组事件的复杂性.
研究的目的:
- 提出一种新设计的,强大的近全长基因组 (NFLG) 测序方法,用于HIV-1.
- 从临床全血样本直接进行HIV-1基因组的全面测序.
- 描述在特定人群中循环的各种HIV-1亚型和RF.
主要方法:
- 为多重PCR开发32个泛基因型原始对,生成覆盖整个HIV-1基因组的重叠DNA片段.
- 使用Nextera XT协议进行图书馆准备,然后在Illumina MiSeq平台 (V3套件) 上进行测序.
- 生物信息分析使用多种工具 (HIV BLAST,家族遗传分析,RIP,SimPlot++,jpHMM) 来确定共识序列和识别重组事件.
主要成果:
- 该方法成功测序了33例怀疑携带RF和2例控制亚型的患者样本中的HIV-1基因组.
- 实现了高基因组覆盖率,特别是GAG和POL基因,从而能够识别整个基因组的重组事件.
- 与没有PCR的元基因组测序相比,NFLG方法证明了HXB2参考基因组的优越覆盖率.
结论:
- 已经建立了基于重叠PCR片段的HIV-1 NFLG测序的可靠方法.
- 这种精细的方法允许在每次MiSeq运行中同时对20个患者样本进行测序,从而提高了吞吐量.
- 该方法成功地用于表征在以色列流通的多种HIV-1RF和纯亚型,突出其临床实用性.
