综合单细胞和空间分析识别了在头部和部癌症免疫检查点阻塞反应中的上下文依赖的髓状T细胞相互作用
Athena E Golfinos-Owens1, Taja Lozar1,2,3, Parth Khatri1,4
1McArdle Laboratory for Cancer Research, University of Wisconsin School of Medicine and Public Health, Madison, WI 53792.
bioRxiv : the preprint server for biology
|April 8, 2025
概括
这项研究揭示了头癌 (HNSCC) 中的空间免疫细胞相互作用,可以预测对免疫检查点阻塞 (ICB) 的反应. 识别这些空间特征为改善HNSCC患者的ICB治疗有效性提供了新的生物标志物.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 头部和部状细胞癌 (HNSCC) 对免疫检查点阻塞 (ICB) 的反应是可变的,只有15-20%的患者受益.
- 以前使用单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) 的研究突出显示了HNSCC ICB反应中的免疫细胞子集,但空间特征仍未得到充分探索.
研究的目的:
- 系统地评估在接受ICB治疗的HNSCC患者瘤微环境中的空间免疫细胞相互作用.
- 确定与HNSCC中ICB反应相关的空间生物标志物和细胞社区.
主要方法:
- 综合空间奥米克 (10X Visium和纳米链CosMx) 和单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) 数据来自HNSCC患者.
- 生物信息学分析以定义细胞邻居和空间受限的连接体-受体相互作用.
- 分析了522,399个单细胞的RNA和蛋白质,以及来自8名患者的空间转录组.
主要成果:
- 在ICB响应者与非响应者之间,鉴定了骨髓细胞和T细胞相互作用的空间和细胞类型特异性差异.
- 定义的细胞社区和精确指定的关键化学相互作用 (例如,CXCL9/10-CXCR3,CXCL16-CXCR6,CCL4/5-CCR5) 与ICB反应相关.
- 为免疫疗法和HNSCC研究社区生成了对联体受体相互作用的全面数据集.
结论:
- 这项研究提供了一个免疫细胞相互作用的空间地图,与HNSCC中的ICB反应相关.
- 多omics技术和生物信息学的整合为ICB治疗的潜在免疫基生物标志物提供了新的见解.
- 结果表明,改进未来的临床前研究,以更具体地理解ICB反应机制.
