在单个基因组序列中存在多个IncF等离子体等位基因的多个变体,这可能会阻碍使用pMLST工具in silico进行准确的复制序列类型化
Michaela Ruzickova1,2,3, Jana Palkovicova1,3, Ivo Papousek2
1Central European Institute of Technology, University of Veterinary Sciences Brno, Brno, South Moravian Region, Czechia.
mSystems
|April 8, 2025
概括
质粒多位置序列类型 (pMLST) 工具不准确地通过随机选择多个存在时的变体来识别IncF质粒类型. 这限制了对Enterobacteriaceae的抗生素耐药性和毒性基因的准确评估.
科学领域:
- 细菌基因组学是一种细菌基因组学.
- 分子流行病学分子流行病学
- 等离子体生物学
背景情况:
- IncF等离子体是Enterobacteriaceae中关键的移动遗传元素,携带显著的抗生素耐药性和毒性基因.
- 准确的IncF等离子体类型化对于了解耐药性和毒性传播至关重要,特别是在流行性菌株中.
- 质粒多位置序列类型 (pMLST) 工具通常用于基于等位基序列的IncF质粒的分类.
研究的目的:
- 评估pMLST工具在分类IncF等离子体中的准确性和局限性.
- 评估pMLST工具差异对识别IncF等离子体谱系的影响.
- 为了研究细菌基因组内多个IncF等离子体变体的发生.
主要方法:
- 使用pMLST.使用70,324个大肠杆菌基因组和1,247个其他Enterobacteriaceae基因组的分析.
- 短读和长读基因组组合的比较,以评估pMLST等位基因变异报告.
- 使用长读测序对27个基因组进行深入分析,以确认等离子体结构和等位基因变异.
主要成果:
- 在8.01% (5,804/72,469) 的基因组中检测到pMLST报告的IncF等位基因变异差异.
- 当基因组中存在多个变异时,pMLST工具随机选择了一个单个等位基因,导致不准确的等离子体序列类型 (ST) 识别.
- 长读测序证实了单个质粒或单个细菌细胞内的多个IncF质粒上存在多个IncF等位基因变异的存在.
结论:
- pMLST工具在准确识别IncF等离子体类型方面表现出显著的局限性,特别是当存在多个等位基因变异时.
- 在pMLST输出中的不一致性可能导致对IncF等离子体谱系的误解及其与抗生素耐药性的关联.
- 需要改进的方法来准确地确定IncF等离子体的类型,以便更好地了解它们在细菌病变和抗菌素耐药性中的作用.
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