在癌症单细胞研究中,过具有高线粒体含量的细胞会耗尽可活的代谢改变的恶性细胞群

科学领域:

• 癌症生物学 癌症生物学
• 单细胞基因组学 单细胞基因组学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 单细胞转录组学揭示了细胞多样性,但受到技术噪音的影响.
• 高线粒体RNA百分比 (pctMT) 是低质量的细胞的常见过器,通常表明细胞死亡.
• 基于健康组织的现有pctMT值可能会排除具有自然更高线粒体表达的可活性恶性细胞.

研究的目的:

• 研究具有高pctMT的恶性细胞的活力和功能特征.
• 挑战目前瘤单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 的质量控制实践.
• 探索高pctMT在癌症中的影响,用于数据解释和治疗见解.

主要方法:

• 对9个公开的单细胞RNA-seq癌症数据集 (441,445个细胞,134名患者) 和空间转录组学数据的分析.
• 评估细胞活力和恶性细胞的压力标志物,具有不同的pctMT.
• 对pctMT与代谢特征,耐药性,转录异质性和临床特征的相关性分析.

主要成果:

• 恶性细胞总是比非恶性细胞显示出更高的pctMT,而不会增加压力.
• 恶性细胞中的高pctMT与代谢失调 (例如,异生物代谢) 和潜在的治疗反应有关.
• pctMT与癌症细胞系的耐药性,转录异质性和患者的临床特征相关.

结论:

• 恶性细胞中pctMT升高反映了功能特征,而不仅仅是质量差.
• 目前瘤scRNA-seq的过实践可能需要修订,以避免排除相关恶性细胞群.
• 了解癌症中的高pctMT可以改善数据解释,并确定新的治疗途径.