从印度受污染和未受污染的河流中对Labeo calbasu (汉密尔顿,1822年) 的比较转录组分析
Smruti Priyambada Pradhan1, Hirak Jyoti Chakraborty1, Ayushman Gadnayak1
1ICAR-Central Inland Fisheries Research Institute, Kolkata, India.
PloS one
|April 10, 2025
概括
污染显著改变了Labeo calbasu的基因表达,而Yamuna河鱼类的核糖体通路受到严重影响,突出了它们作为污染生物标志物的潜力.
科学领域:
- 环境基因组学 环境基因组学
- 水生物质毒理学研究
- 鱼类生物学 鱼类生物学
背景情况:
- 拉贝奥·卡尔巴苏 (Labeo calbasu) 是一种重要的破坏性鱼类,对生态系统的健康至关重要.
- 了解鱼类对水域污染的反应对于环境监测至关重要.
- 转录组分析提供了对应激反应的分子机制的见解.
研究的目的:
- 为了研究暴露在受污染和未受污染的河水中的Labeo calbasu的转录组变化.
- 为了确定差异表达基因 (DEGs) 和受污染压力影响的关键途径.
- 探索L. calbasu作为水污染生物标记物的潜力.
主要方法:
- 使用Illumina NovaSeq 6000平台对L. calbasu. 的肝脏样本进行转录基因组测序.
- 从甘河和山河收集的鱼类中对基因表达特征进行比较分析.
- 生物信息分析包括基因本体学 (GO) 和基因和基因组 (KEGG) 京都百科全书的途径分析.
主要成果:
- 鉴定了8744个差异表达基因 (DEGs),其中2538个因污染而上调和6206个因污染而下调.
- GO分析揭示了生物过程中的丰富,如代谢和分子功能,如RNA结合.
- 基因基因基因基因分析突出了核糖体和代谢途径的重要性,具有特定的基因 (Rpl19,rps2e等). 在Yamuna河鱼中强烈诱导.
结论:
- 污染压力导致L. calbasu的显著转录基因变化,影响了核糖体和代谢途径.
- 这项研究确定了来自Yamuna河的L. calbasu中的特定核糖体基因,作为污染的潜在生物标志物.
- 包括mRNA和lncRNA在内的各种RNA转录在细胞对环境压力因素的反应中发挥作用.
