快速质量:一个图形数据处理应用程序,用于高通量质谱中的自动化物种身份验证
Chunxiang Liu1,2, Qian Meng1, Yun Li1
1National Engineering Research Center of TCM Standardization Technology, Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences, Haike Road #501, Shanghai 201203, China.
拉皮德马斯软件自动化高通量质谱 (HT-MS) 数据处理,用于物种识别. 这个免费的工具提供了准确而高效的物种身份验证,解决了分析科学中的关键需求.
科学领域:
- 分析化学 分析化学
- 计算生物学 计算生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 高通量质谱 (HT-MS) 产生了大量的数据集,需要自动处理.
- 使用MS数据进行物种身份验证的现有软件解决方案通常是专有或特定于仪器的.
- 需要免费可用的多功能软件来管理和分析用于物种识别的HT-MS数据.
研究的目的:
- 推出RapidMass,一个用于自动处理,评估和管理HT-MS数据的新型软件平台.
- 提供一个用户友好的,自由可访问的工具,用于物种识别和分类,使用质谱学.
- 开发和验证专门的算法,以从各种MS数据集中准确地进行物种身份验证.
主要方法:
- 开发了一种简化的工作流程,用于处理各种直接输注 (DI-MS),大气压电离 (ASAP-MS) 和实时直接分析 (DART-MS) 仪器的光谱.
- 实施了三种评分算法,用于对数据库进行未知样本的评估.
- 包括用于峰值注释审查,MS1/MS2光谱可视化和可扩展个人数据库的功能.
主要成果:
- 在9个不同的数据集中,RapidMass表现出色,在1220秒内处理样本.
- 品种认证准确度在97%至100%之间,特别是在容易混的植物物种中.
- 该软件通过可扩展的个人数据库支持定制数据管理.
结论:
- RapidMass提供了一种高效,用户友好和免费可用的解决方案,用于自动化HT-MS数据处理和物种识别.
- 该软件的多功能性和高精度为各种科学领域的广泛应用提供了显著的前景.
- RapidMass使研究人员能够创建和管理个性化的数据库,增强物种身份验证能力.
更多相关视频
09:26Species Determination and Quantitation in Mixtures Using MRM Mass Spectrometry of Peptides Applied to Meat Authentication
Published on: September 20, 2016
10:37Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification
Published on: November 15, 2017
相关概念视频
Mass Spectrometry: Complex Analysis
GC–MS is a powerful hyphenated method commonly used in forensics and environmental...
Peptide Identification Using Tandem Mass Spectrometry
This technique helps gather information regarding the protein from which the peptide was obtained and to study the peptides’ amino acid sequence. Identifying peptides from a complex mixture is an important component of the growing field of...
Mass Spectrometers
Mass Spectrum: Interpretation
To...
High-Resolution Mass Spectrometry (HRMS)
