在相同的癌症组织中整合环境电离质谱成像和空间转录组学,以识别RNA-代谢物相关性

科学领域:

• 生物技术是生物技术.
• 分子生物学分子生物学
• 癌症研究 癌症研究

背景情况:

• 像空间转录学 (ST) 和质谱成像 (MSI) 这样的空间奥米克技术已经推进了疾病研究,特别是在癌症中.
• 然而,这些强大的技术可以独立分析不同的分子类 (RNA,代谢物).
• 整合这些空间奥米克数据集是具有挑战性的,因为在分析相邻的组织切片时,部分到部分的变化.

研究的目的:

• 开发和验证一种新的工作流程,用于在相同的组织部位上同时进行空间代谢和空间转录.
• 评估消毒喷射电离化质谱成像 (DESI-MSI) 与随后的Visium空间转录学的兼容性.
• 探索综合分子洞察力,并确定人类癌症组织中代谢物和mRNA之间的新相关性.

主要方法:

• 在相同的组织段上,用于空间代谢学和Visium空间转录学的联合脱电喷射电离化质谱成像 (DESI-MSI).
• 在环境条件下的DESI-MSI分析后评估RNA完整性和空间转录组学数据质量.
• 将集成工作流应用于人类乳腺癌和肺癌组织样本.

主要成果:

• 证明DESI-MSI不会影响RNA质量或随后的空间转录组学数据.
• 从单个组织部分成功生成了综合空间代谢学和转录学数据.
• 在不同癌症相关区域内确定了特定代谢物和mRNA转录物之间的以前未知的相关性.

结论:

• 提出的工作流允许在相同的组织部分上整合空间代谢学和转录学,克服以前的限制.
• 这种综合方法保持了分子数据的完整性,允许更全面的生物学见解.
• 这些发现突出了通过多omics空间分析在癌症生物学中发现新型分子关系的潜力.