开发一个自动化的斑块计数程序,用于量化奇孔古尼亚病毒的数量
Akino Emi1, Youichi Suzuki2, Chinami Odake1
1Department of Microbiology and Infection Control, Faculty of Medicine, Osaka Medical and Pharmaceutical University, Takatsuki, Japan.
Scientific reports
|April 11, 2025
概括
检测 Chikungunya 病毒 (CHIKV) 的斑块计数是劳动密集型的. 我们开发了plaQuest软件,用于快速,可靠的自动化斑块量化,显著减少实验工作量,并确保准确的病毒定位.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 软件开发 软件开发
背景情况:
- 奇孔古尼亚病毒 (CHIKV) 引起显著的细胞病变效应 (CPE).
- 斑块检测是量化传染性CHIKV的黄金标准,但需要大量的劳动力.
- 手动计数斑块是高通量CHIKV研究中的瓶.
研究的目的:
- 开发和验证 plaQuest,一个用于自动化CHIKV血盘计数的软件.
- 与手动方法相比,评估plaQuest的准确性和可靠性.
- 评估 plaQuest 对抗病毒药物查和其他RNA病毒的适用性.
主要方法:
- 开发了 plaQuest,这是一个独立的基于Windows的斑块计数软件.
- 将plaQuest自动计数与来自多个分析师的手动计数进行比较.
- 对 plaQuest 的评估,以确定菌酸 (MPA) 对 CHIKV 的抑制曲线.
主要成果:
- PlaQuest斑块计数显示与CHIKV手动计数有很强的相关性.
- 通过plaQuest的自动定量产生了与手动计数抗病毒疗效相同的结果 (MPA IC50).
- 对于其他RNA病毒,PlaQuest在基于CPE和基于免疫蛋白的斑块检测中都显示出适用性.
结论:
- PlaQuest提供了一种快速,可靠和有效的方法来量化传染性病毒标位.
- 该软件显著减少了与传统斑块检测相关的工作量.
- PlaQuest是病毒学研究,抗病毒查和高通量分析的宝贵工具.
