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Updated: May 17, 2025
10:36
Rare Event Detection Using Error-corrected DNA and RNA Sequencing
Published on: August 3, 2018
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全基因组规模的基于错误的流量测序及其应用于循环无细胞DNA分析
Alexandre Pellan Cheng1,2,3,4, Adam J Widman5,6, Anushri Arora5,7
1New York Genome Center, New York, NY, USA. alexandre.cheng@etsmtl.ca.
Nature methods
|April 11, 2025
概括
这项研究引入了一种低成本,深度全基因组测序 (WGS) 方法,用于检测循环瘤DNA. 双重错误纠正WGS实现了超低的错误率,可以在没有瘤样本的情况下精确监测疾病.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 从真正的遗传变异区分测序错误是基因组学中的一个关键挑战.
- 循环无细胞DNA (ccfDNA) 测序用于癌症监测面临的局限性是由于循环瘤DNA丰度低,基因组材料高,以及分析前的错误.
- 全基因组测序 (WGS) 可以通过整合整个基因组的信号来提高灵敏度,但高成本阻碍了广泛使用.
研究的目的:
- 开发和应用一个具有成本效益的,深度WGS方法,用于敏感检测循环瘤DNA (ctDNA).
- 为ccfDNA建立双重错误纠正WGS方法,具有超低错误率.
- 为了使瘤知情和瘤无知情ctDNA检测用于疾病负担评估.
主要方法:
- 使用了低成本平台 (Ultima Genomics) 的深度 (~120×) 全基因组测序 (WGS).
- 开发了用于循环无细胞DNA (ccfDNA) 的双重错误纠正WGS,以实现异常低的错误率 (7.7 × 10-7).
- 应用了在百万分之一范围内瘤告知ctDNA检测的方法,并评估了癌症患者的疾病负担,而没有匹配的瘤测序.
主要成果:
- 以降低成本实现了深度 (~120×) 测序,使敏感的ctDNA检测成为可能.
- 证明了ccfDNA的双重错误纠正WGS,错误率为7.7 × 10−7.
- 成功评估了黑色素瘤和尿路癌患者的疾病负担,而不需要匹配的瘤组织进行测序.
结论:
- 低成本,深度WGS与双重错误校正相结合,为敏感的ctDNA检测提供了一个强大的策略.
- 这种方法使得疾病负担的准确评估,即使在低变异基因频率,没有匹配的瘤测序.
- 开发的错误纠正WGS方法在基因组学中具有广泛的适用性,用于低丰度变体检测和绘制体质马赛克.
