相关实验视频
Updated: Jun 16, 2026
07:11
Constructing Cyclic Peptides Using an On-Tether Sulfonium Center
Published on: September 28, 2022
De Novo 基于碎片对接和组装的循环结合物的设计
Changsheng Zhang1, Fanhao Wang2, Tiantian Zhang3
1BNLMS, College of Chemistry and Molecular Engineering, Peking University, Beijing 100871, China.
Journal of chemical information and modeling
|April 14, 2025
概括
一个新的计算平台,CycDockAssem,使循环的新设计能够针对蛋白质-蛋白质相互作用. 这种方法成功地产生了TNFα的结合物,证明了其在药物发现方面的潜力.
科学领域:
- 计算化学是一种计算化学.
- 药物发现 药物发现
- 结构生物学是结构生物学.
背景情况:
- 循环因其特异性和稳定性而成为调节蛋白-蛋白相互作用 (PPI) 的有前途的治疗药物.
- 目前用于循环药物设计的方法有限,特别是基于目标结构的de novo设计.
研究的目的:
- 介绍CycDockAssem,这是一个计算平台,用于从头到尾的循环的新设计.
- 促进产生针对特定蛋白质表面的新型循环结合剂.
主要方法:
- 使用了来自蛋白质数据库的片段库和SDOCK2.0对接程序.
- 采用ROSETTA进行序列重新设计和分子动力学,以评估稳定性和结合能.
- 集成了先进的评分功能,包括子-π相互作用和水排除,以增强对接.
主要成果:
- CycDockAssem成功设计了向瘤死亡因子α (TNFα) 的循环.
- 实验验证显示,设计的七种中的六种与TNFα结合,具有微分子亲和力.
- 两种可以显著抑制TNFα下游基因表达.
结论:
- CycDockAssem为新的循环药物发现提供了一个强大的计算策略.
- 该平台可以设计具有潜在治疗PPI应用的循环.
更多相关视频
11:09Constructing Thioether/Vinyl Sulfide-tethered Helical Peptides Via Photo-induced Thiol-ene/yne Hydrothiolation
Published on: August 1, 2018
10:33Development of Inhibitors of Protein-protein Interactions through REPLACE: Application to the Design and Development Non-ATP Competitive CDK Inhibitors
Published on: October 26, 2015